Çin yönetimi, dinî inancı, Doğu Türkistanlıları tamamen asimile etme yolundaki en büyük engel olarak gördüğü için, Doğu Türkistanlılara yönelik dinî baskılar gün gittikçe artmaktadır.
İslami kıyafetler, sakal ve bıyık, dinî aşırılık olarak kabul edilerek yasaklanmıştır. Toplama kampları kurulduktan sonra camilere gitmek tamamen yasaklanmıştır. Ayrıca kadim camiler yıkılmıştır ve geri kalanları ise meyhane, ahır, diskotek ve benzeri eğlence mekanlarına dönüştürülmüştür. Ezan ve Tekbir ise şu şekilde değiştirilmiştir:
Ezan: “Biz Çin ülkesinin evlatlarıyız, Çin ülkesinin evlatlarıyız. Ülkemiz uludur, ülkemiz uludur. Namaz vakti geldi. Dilek dilemeye gelin. Ülkemizin asayış içinde gelişmesini dileyelim.”
Tekbir: “Biz Çin ülkesinin evlatlarıyız, Çin ülkesinin evlatlarıyız, Ülkemiz uludur, Ülkemiz Uludur.Namaza hazırlandık, Başarılar dileyelim. Ülkemizin asayış içinde gelişmesini dileyelim.”
Çin hükümeti 2016 yılından itibaren yeni doğan Uygur çocuklarına Muhammed, Arafat, İslam, Türkizat gibi dinî ve millî kimliği çağrıştıran 29 ismin verilmesini yasaklamıştır. 2017 yılından itibaren Doğu Türkistan’da satılan çeşitli gıda ürünleri üzerinde bulunan “Helal” simgesinin kullanımını yasaklamış, marketlerin şarküteri bölümünde ve kasaplarda et ürünleriyle domuz etini yan yana satma zorunluluğu getirmiştir. Ayrıca Doğu Türkistanlıların İslami geleneğe uygun şekilde evlenmesi ve cenaze töreni yapması yasaklanmıştır. Doğu Türkistanlı kızları Çinlilerle evlenmeye zorlayarak millî ve dinî kimlik asimile edilmeye çalışılmaktadır.
ETHRW – Doğu Türkistan insan hakları izleme derneği